BioNinja Challenge 2019 - relacja z wydarzenia

Projekt, w którym sztuczna inteligencja wyszukuje peptydów o właściwościach bakteriobójczych, jakie w przyszłości zastąpią antybiotyki, stworzony przez grupę Grumpy Hackers zwyciężył w trwającym okrągłą dobę hackathonie bioinformatycznym BioNinja Challenge 2019. Imprezę zorganizowała Pracownia Biobank Uniwersytetu Łódzkiego. Program może mieć zastosowanie w nauce i medycynie.

BioNinja Challenge - przebieg

Hackathon bioinformatyczny BioNinja Challenge 2019 był wyzwaniem dla  biologów, informatyków oraz bioinformatyków, czyli osób ze środowisk na pozór nie mających ze sobą nic wspólnego. Ich zadaniem była pomoc w rozwiązywaniu problemów współczesnej genetyki. Na imprezę stawiło się 30 osób z całej Polski i Ukrainy, zebranych w kilkuosobowe zespoły. W ciągu 24 godzin musieli oni zaproponować rozwiązanie jednego z trzech zadań. Wyzwania polegały na:

• poszukiwaniu peptydów o działaniu przeciwdrobnoustrojowym – mogących stać się w przyszłości alternatywą dla standardowych antybiotyków,
• wytworzeniu oprogramowania wspierającego proces sekwencjonowania nowej generacji – proces odczytu DNA,
• wytworzeniu modeli predykcji szans na wystąpienie otyłości na podstawie sekwencji DNA i danych fenotypowych.

- Tegoroczna edycja stała na bardzo wysokim poziomie, a zaproponowane zadania nie były trywialne i przysporzyły sporo problemów uczestnikom – mówi Dominik Strapagiel, kierownik Pracowni Biobank Uniwersytetu Łódzkiego. - Poradzili sobie jednak świetnie z wyzwaniami, tworząc rozwiązania, które znajdą praktyczne rozwiązania w nauce.

Laureaci

Zwycięzcy to studenci i doktoranci Uniwersytetu Warszawskiego. Drugie miejsce zajęła grupa "Slavic" z Białegostoku (triumfatorzy ubiegłorocznego biohackatonu), którzy także zaproponowali rozwiązanie z obszaru poszukiwania peptydów. Na podium stanął  ponadto zespół KÖMPILATOR składający się ze studentów informatyki i bioinżynierii Politechniki Wrocławskiej, rozwiązując problem optymalnego doboru indeksów na potrzeby sekwencjonowania nowej generacji. Jakub Lach z Pracowni Biobank Uniwersytetu Łódzkiego  wyjaśnia: - indeksy są to krótkie cząsteczki DNA o znanej sekwencji. Dołączamy je do każdej z badanych próbek, aby w późniejszym czasie móc zidentyfikować należący do niej materiał genetyczny.

- Biohackaton, oprócz konkretnych rozwiązań, ma pokazać rezultaty, które można osiągnąć dzięki integracji naukowców czyli biologów i lekarzy z informatykami - mówi Błażej Marciniak z łódzkiego Biobanku, jeden z organizatorów wydarzenia. - Chcemy przekonać te środowiska do współpracy, udowodnić, że ich wspólne wysiłki mogą przynieść rewelacyjne osiągnięcia.

BioNinja Challenge 2019

Tegoroczna edycja Hackathonu została włączona w poczet imprez tworzących CodeWeekEU oraz Festiwalu Cyfryzacji. Organizator imprezy - Pracownia Biobank Uniwersytetu Łódzkiego, od roku 2016 promuje Uniwersytet Łódzki, będąc członkiem dwóch europejskich, prestiżowych organizacji zrzeszających jednostki biobankujące: BCNet (Biobank and Cohort Building Network) oraz ESBB (European and Middle Eastern Society for Biopreservation and Biobanking). Jednostka należy do krajowego Konsorcjum BBMRI.pl, realizującego projekt na rzecz Infrastruktury Badawczej Biobanków i Zasobów Biomolekularnych BBMRI-ERIC (Biobanking and BioMolecular resource Research Infrastructure - European Research Infrastructure Consortium), współtworząc Polską Sieć Biobanków.

Patronat nad wydarzeniem objęli: Hanna Zdanowska-Prezydent Miasta Łodzi, Jarosław Gowin Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Ministerstwo Cyfryzacji

Partner: Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne. Partnerzy technologiczni wydarzenia: InterSynergy Software House (https://www.intersynergy.pl/) i Agencja Kreatywna Onespark (https://www.onespark.pl/)

Partnerzy medialni: biotechnologia.pl, dlastudenta.pl, biostrefa.net, bulldogjob.pl

ip

fot. materiały organizatora